Découverte de trois nouvelles espèces de singes, dont deux déjà menacées d'extinction

Pendant plus d'un siècle, les scientifiques ont considéré tous les semnopithèques malais comme une seule et même espèce, mais de nouvelles recherches indiquent que le groupe de singes est en fait composé de trois espèces distinctes bien que difficilement différentiables.

Présents au Myanmar, en Thaïlande, en Malaisie, à Singapour et en Indonésie, ces singes n'étaient pas considérés comme menacés d'extinction imminente, notamment parce que leur aire de répartition est particulièrement étendue. Mais les nouvelles découvertes, publiées dans Scientific Reports, révèlent que deux des nouvelles espèces figurent parmi les primates les plus menacés au monde, et présentent un besoin urgent de protection.

La recherche met en évidence la capacité des outils de séquençage génétique de pointe à corriger les erreurs taxonomiques séculaires qui pourraient masquer les urgences de conservation. Dans ce cas précis, les chercheurs sont partis de l'ADN prélevé dans des crottes de singes, une technique non invasive qui pourrait être plus largement utilisée.

« Nous voulons que cette recherche encourage davantage d'études sur ces espèces de singes bien distinctes en Asie », explique Andie Ang, exploratrice National Geographic et chercheuse au Wildlife Reserve Singapore Conservation Fund. « Il y a certainement beaucoup plus de diversité que nous ne le pensions - et si nous n'en n'avons pas conscience, nous risquons de la mettre en péril. »

UNE INTUITION DE LONGUE DATE

Il y a dix ans, Andie Ang, co-autrice principale de la nouvelle étude, a commencé à étudier les semnopithèques malais, des petits singes de couleur sombre. Les trois sous-espèces connues (Presbytis femoralis femoralis, Presbytis femoralis percura et Presbytis femoralis robinsoni) sont noires, avec seulement de subtiles différences dans les marques blanches autour de leur visage et de leur ventre.

Depuis le début, cependant, Ang soupçonnait que tous les semnopithèques malais de Raffles étaient en fait des espèces distinctes. « En regardant simplement leur morphologie et les documentations passées, on aurait plutôt dit qu'il s'agissait d'espèces différentes, mais je n'avais aucune preuve pour le confirmer », dit-elle.

Suivre son intuition n'a pas été facile. Les semnopithèques malais sont notoirement difficiles à observer - rares, agiles, passant la plupart de leur temps dans les cimes des arbres. Ils partent généralement au premier signe d'intrusion humaine, ce qui les rend difficiles à photographier ou à attraper pour prélever des échantillons de sang, une méthode qui présente par ailleurs le risque de les stresser ou de les blesser.

Pour contourner ces difficultés, Andie Ang et une équipe de confrères internationaux se sont tournés vers les échantillons fécaux, une ressource sous-utilisée par les scientifiques : les excréments contiennent une multitude d'informations allant de l'ADN d'un animal aux détails de son alimentation, de son microbiome et sa charge parasitaire.

À LA RECHERCHE D'EXCRÉMENTS

Mais plus facile à dire qu'à faire : la collecte de ces échantillons est difficile et prend du temps. Les chercheurs ont localisé des groupes de semnopithèques dans la forêt, puis ont attendu tranquillement, parfois pendant des heures, jusqu'à ce que les animaux se soient déplacés pour vérifier sous les arbres s'ils avaient laissé derrière eux des excréments.

« Parfois, nous restions toute la journée et ils ne faisaient pas caca, ou nous ne pouvions pas trouver leurs excréments parce que le sol de la forêt ressemblait beaucoup aux excréments que nous recherchions », se souvient Ang. « Il arrivait aussi que les mouches et les bousiers nous devancent. »

En analysant ces échantillons, Ang et ses collègues ont réussi à séquencer le génome entier de 11 semnopithèques malais et les ont comparés les uns aux autres avant de les comparer à une base de données génétiques d'échantillons antérieurs. Pour être considérées comme des espèces différentes, les séquences mitochondriales des mammifères doivent généralement différer d'environ 5 %. Dans ce cas, les chercheurs ont trouvé une différence de 6 % à 10 % entre les trois semnopithèques.

D'après leurs calculs, les espèces se sont distinguées les unes des autres il y a trois millions d'années, avant le Pléistocène. « Ils ne sont même pas étroitement liés » ajoute Ang.

SAUVER DES ESPÈCES

Pour deux de ces singes, le semnopithèque malais de Raffles (Presbytis femoralis) et le semnopithèques malais de l'est de Sumatra (Presbytis percura), la nouvelle classification des espèces soulève des préoccupations urgentes en matière de conservation, car celles-ci sont désormais considérées comme en danger critique d'extinction en raison de leurs petites populations et de leurs aires de répartition limitées.

Ang estime que la population totale de semnopithèques malais de Raffles oscille entre 300 et 400 individus, dont environ 60 vivent à Singapour. Les autres vivent dans les États du sud de la Malaisie péninsulaire, où les forêts font de plus en plus place aux plantations de palmiers à huile. Les chercheurs n'ont cependant aucune idée du nombre de semnopithèques malais de l'est de Sumatra. Ils vivent uniquement dans la province de Riau à Sumatra, dans une zone à haut risque d'incendies où le braconnage fait rage, et connaissent également des taux de déforestation élevés.

Le semnopithèque malais de Robinson (Presbytis robinsoni), quant à lui, est plus répandu et est toujours classé comme « quasi menacé » par l'Union internationale pour la conservation de la nature.

« Pour le moment, il n'est pas vraiment menacé d'extinction », dit Ang. Mais avec le développement urbain et l'accélération de la déforestation, le semnopithèque malais de Robinson finira probablement par se retrouver dans la même situation d'urgence que les deux autres espèces, ajoute-t-elle.

Bien que les menaces qui pèsent sur ces singes ne soient pas nouvelles, la nouvelle classification pourrait avoir pour conséquence une réelle prise de conscience quant à la survie de ces primates.

« La sensibilisation du public à la conservation porte principalement sur les espèces et non sur les sous-espèces, donc montrer que les sous-espèces précédemment classées sont en fait des espèces distinctes aide à collecter des fonds pour les programmes de conservation », explique Christian Roos, généticien des primates à l'Institut Leibniz, en Allemagne, qui n'a pas pris part à la présente étude. 

Ang et ses collègues ont établi des partenariats avec des universités et des organisations à but non lucratif en Malaisie, en Indonésie et à Singapour pour que de nouvelles études sur les nouvelles espèces voient le jour et pour faire campagne pour des protections renforcées des espèces au niveau gouvernemental.

Les chercheurs émettent également l'hypothèse que de nombreuses autres espèces, pas seulement des primates, se cachent derrière l'étiquette de sous-espèces. Les échantillons fécaux, comme le montre la nouvelle étude, peuvent être essentiels pour mettre au jour ces espèces.

« Cette méthode est actuellement peu utilisée en taxonomie, mais elle a un énorme potentiel », explique Vincent Nijman, écologiste à l'Université d'Oxford Brookes et co-auteur de la nouvelle étude. « S'il y a des excréments, nous pouvons collecter de l'ADN. »

Cet article a initialement paru sur le site nationalgeographic.com en langue anglaise.