Un nouvel inventaire de la biodiversité corse

La description de la faune et de la flore méditerranéennes est un exercice qui ne date pas d'hier. L'écrivain romain Pline l'Ancien l'inaugura durant l'antiquité, bien avant que les grandes expéditions naturalistes ne s'y consacrent à grande échelle aux 18^e et 19^e siècles. Les inventaires du bassin n'avaient toutefois que peu été remis à jour avec les moyens modernes comme la photographie numérique et le séquençage ADN. L'actualisation de ce répertoire des espèces est aujourd'hui en cours, grâce à des expéditions menées de 2019 à 2021 en Corse, l'un des sites naturels les plus riches de Méditerranée. Une colossale mise à jour menée dans le cadre du projet Planète Revisitée du Museum national d'histoire naturelle (MNHN), qui a relancé un vaste programme d'expéditions à travers le monde depuis 2006.

Line Le Gall, responsable de la délégation aux explorations scientifiques au MNHN et cheffe de mission du volet marin du projet Corse, fait le point sur la moisson réalisée dans l'Île de Beauté et l'apport de ces grandes expéditions à la science et à la préservation de la biodiversité. Entretien.

Qu'est-ce qui a motivé le lancement du programme Planète Revisitée ?

L'idée était de remonter de grandes expéditions d'envergure pour essayer de documenter la biodiversité avant qu'elle ne disparaisse. Elle subit une érosion forte en conséquence du changement global (réchauffement climatique, acidification des océans, changement de l'usage des sols…). Beaucoup d'espèces sont en passe de vivre une sixième extinction. Or, le rythme de description de la biodiversité est extrêmement lent : 16 000 espèces sont décrites par an et des études montrent que le temps d'étagère (ndlr : la durée qui s'écoule entre la découverte d'une nouvelle espèce et sa description) est en moyenne de 21 ans. En tout, à peu près 2 millions d'espèces ont été recensées à ce jour. Il nous en reste encore 8 millions à décrire. Au rythme actuel, il nous faudrait cinq siècles pour y parvenir.

Quels facteurs expliquent la lenteur des descriptions ?

Une fois les espèces récoltées, il faut les comparer avec les espèces déjà décrites, qui sont généralement conservées dans des musées, et démontrer qu’il s’agit de nouvelles espèces. Mais l’accès à ce matériel n’est pas toujours aisé. En ce moment par exemple on n’accède plus aux collections de Russie, or c'est un pays qui a beaucoup contribué à la description de la biodiversité. L'Italie aussi, qui est à l'origine des premiers herbiers et jardins botaniques au monde. Cependant, gérer ses collections n'est plus sa priorité et certaines ne sont plus accessibles faute de personnel dédié à leur conservation. Même en France, certaines collections sont difficilement accessibles. Se pose également un problème de personnel. Il y a des groupes entiers pour lesquels on n'a presque plus de spécialistes, comme les ascidies (ndlr : des animaux marins filtreurs attachés au substrat rocheux) ou les annélides (ndlr : des vers marins). 

Le programme Planète Revisitée entend justement faire la part belle à ces espèces laissées pour compte.

Il avait pour ambition de se focaliser sur les régions qui sont des points chauds de biodiversité soumis à une forte pression anthropique, mais aussi sur les taxons négligés, comme beaucoup d'invertébrés, par exemple les mollusques et les crustacés dans le milieu marin et les insectes dans le milieu terrestre. Les insectes représentent le groupe d'animaux le plus diversifié avec plus de 600 000 espèces décrites. Mais il y a des groupes entiers qu'on connaît très mal, comme les punaises, les coléoptères ou certaines mouches.

Après des missions lointaines, comme au Vanuatu ou en Papouasie-Nouvelle-Guinée, pourquoi avoir mis le cap sur la Corse, qui semble beaucoup mieux connue ?

Beaucoup de taxonomistes ont oeuvré sur l'île dans le passé. Cependant, la plupart des grands programmes d'exploration récents ont eu lieu dans les zones intertropicales. Le bassin méditerranéen est un point chaud de la biodiversité marine et terrestre qui a été très peu réétudié par les moyens modernes : très peu d'organismes y ont été photographiés vivants jusqu'à présent et on a extrêmement peu de séquences d'ADN disponibles. Sur moins de 200 km de long, la Corse concentre énormément d'habitats présents en Méditerranée et c'est sans doute l'une des îles méditerranéennes les mieux conservées. Se positionner sur elle pour lancer un programme sur la Méditerranée faisait sens.

Comment ont été menés les inventaires ?

On a défini les sites prioritaires à explorer avec les acteurs locaux, la collectivité territoriale de Corse, l'office de l'environnement de Corse, le parc naturel régional de Corse, le conservatoire du littoral, l'Office national des forêts et l'Office français de la biodiversité. Sur chaque site, de grandes équipes de 20 à 40 personnes ont été mises en place, composées de chercheurs et d'amateurs. Pour le milieu terrestre, la collecte s'est effectuée essentiellement avec des pièges à interception (tels des tentes malaises) et des pièges à attraction (comme les pièges lumineux) mais aussi des assiettes de couleur remplies d'eau, imitant des fleurs et les traditionnels filets et fauchoirs. Les équipes ont aussi eu recours à des pièges automatiques qu'elles ont laissés une année entière pour pouvoir observer les variations saisonnières de la faune.

Dans le milieu marin, on a procédé avec des chaluts et des dragues de petite taille pour ne pas abîmer les fonds. Il y a aussi eu beaucoup de collecte en plongée avec des aspirateurs sous-marins et des paniers de brossage, qui permettent de récupérer tous les organismes qui se logent dans les anfractuosités rocheuses et qui sont invisibles à l'œil nu même pour un naturaliste averti.

La prospection ne représente qu'une petite partie du travail. Il s'agit surtout de tamiser et de trier, car l'essentiel de la biodiversité est de petite taille. Le temps du terrain n'est pas le temps de l'identification. L'effort est dévolu à l'échantillonnage et au conditionnement des spécimens récoltés pour leur étude ultérieure et leur préservation.

À ce jour, quel est le bilan de la Planète Revisitée en Corse ?

On est sur un territoire assez exceptionnel à l'échelle de la Méditerranée. L'expédition a confirmé la grande richesse de la Corse en terme d'habitats et d'espèces présentes. Pour le volet marin, 1100 espèces ont été identifiées à chaud et 4 300 spécimens ont été gardés pour séquençage. Pour le volet terrestre, 1 750 espèces ont été identifiées et 2 200 spécimens conservés. Parmi les animaux collectés, 7 espèces nouvelles pour la science ont été identifiées, dont une espèce de guêpe. C'était une surprise de trouver de nouvelles espèces en Corse. Grâce au séquençage ADN, on va aussi pouvoir découvrir des espèces cryptiques, c'est-à-dire des espèces qui ont une morphologie semblable, mais qui sont très différentes du point de vue génétique. C'est un phénomène courant dans certains groupes, comme les mollusques marins. La collecte a aussi donné lieu à ce qu'on appelle de nouveaux enregistrements : nous avons trouvé des espèces qui existent ailleurs mais qui n'avaient pas été inventoriées en Corse, comme Vitrea diaphana, un escargot terrestre, et nous avons aussi retrouvé des espèces qui avaient été inventoriées il y a longtemps sur l'île et qui n'avaient pas été revue depuis leur description, à l'image de Phyllodromica subaptera, une blatte qu'on n'avait pas revue depuis 50 ans.

Quels bénéfices peut-on attendre de ces grands inventaires ?

Du point de vue de la recherche, on accélère le recensement de la biodiversité en déployant beaucoup de gens. C'est un peu du taylorisme. On a toute une chaîne opératoire qui permet de trier et de séquencer rapidement.

Les inventaires vont nourrir notre compréhension de l'évolution des organismes. La Méditerranée est un véritable carrefour entre l'Afrique, l'Europe et le Moyen-Orient. Sa faune et sa flore ont des origines diverses et composites. En comparant les séquences ADN des espèces collectées à celles des bases internationales, on pourra mieux comprendre leurs origines.

Ces expéditions représentent aussi une aventure humaine. Les interactions entre gestionnaires, chercheurs et amateurs suscitent de nombreuses discussions qui vont aboutir à terme à des collaborations.

Comment passe-t-on de la connaissance à la conservation ?

Les inventaires vont être publics. Ils seront intégrés à des bases de données, notamment celle de l'Inventaire national du patrimoine naturel (INPN), qui sont disponibles pour tous et en particulier pour les gestionnaires d'aires protégées. Ils permettent d'éclairer la richesse de la faune et de la flore de certaines régions et de mettre en place par la suite des mesures de conservation de la biodiversité. Au début, les zones protégées sont souvent faites sur la base d'espèces emblématiques.

Nos missions d'inventaire permettent de se focaliser sur des espèces moins emblématiques mais néanmoins cruciales pour le bon fonctionnement des écosystèmes. En Corse par exemple, les oiseaux et les mammifères marins sont très largement mis en avant mais ils se trouvent souvent en fin de chaîne alimentaire. Les écosystèmes de l'île tiennent grâce à toute une diversité d'espèces en amont qui interviennent dans la chaine alimentaire et dans la formation des habitats. Ce sont elles qui permettent l'établissement de cette diversité foisonnante mais elles sont plus petites, moins emblématiques et on les regarde moins.