Candida auris, le supergerme qui inquiète les hôpitaux assaillis par le coronavirus

Pendant les vacances de Noël en 2015, Johanna Rhodes avait reçu un e-mail paniqué de l'un des médecins du Royal Brompton Hospital, le plus grand centre de médecine cardiaque et pulmonaire du Royaume-Uni. Une atroce levure avait envahi la peau de leurs patients et se propageait comme une traînée de poudre à travers l'unité de soins intensifs malgré les protocoles méticuleux suivis par l'hôpital en matière de lutte contre les infections.

« Le médecin m'a demandé d'y jeter un œil et j'étais assez perplexe au départ, » se souvient Rhodes, spécialiste des maladies infectieuses à l'Imperial College de Londres qui étudie la résistance aux antifongiques. Rhodes est donc intervenue pour aider l'un des services de cardiologie les plus renommés au monde à identifier l'agent pathogène afin de l'éradiquer de l'établissement. Le germe en question était Candida auris, une levure encore méconnue à l'époque. La spécialiste a été abasourdie par ses observations : « La COVID-19 semble terrible jusqu'à ce qu'on découvre Candida auris. »

Candida auris est un champignon multirésistant, également appelé supergerme, un germe qui échappe à tous les médicaments conçus pour l'éliminer et à en croire les signes avant-coureurs, la pandémie de coronavirus pourrait multiplier les infections par la redoutable levure. En effet, C. auris est particulièrement présent en milieu hospitalier où l'affluence est très forte cette année à cause du coronavirus.

Ce supergerme adhère avec entêtement sur les surfaces telles que les draps, la structure des lits et les dispositifs médicaux, ce qui lui permet d'envahir facilement la peau et de passer aisément d'une personne à l'autre. De plus, les patients intubés ou perfusés encourent un plus grand risque d'infection par C. auris et ces procédures invasives sont devenues plus fréquentes à cause des insuffisances respiratoires associées à la COVID-19.

« Malheureusement, nous avons assisté à une prolifération de C. auris à certains endroits, » indique Tom Chiller, directeur du service des maladies mycosiques des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis. « Nous l'avons également vu émerger dans certains services de soins intensifs ou certaines unités dédiées à la COVID-19. Le problème étant qu'une fois C. auris installé, il est difficile de s'en débarrasser. »

Avant l'apparition de C. auris en 2009, les champignons du genre Candida étaient connus pour provoquer des cas bénins de candidose, une excroissance blanchâtre sur les ongles ou les parties génitales. Depuis, quelques milliers d'infections par C. auris ont été signalées dans au moins 40 pays où elles ont été liées à un décès dans 30 à 60 % des cas. À titre de comparaison, le coronavirus ne tue que dans 1 % des cas mais a infecté un très grand nombre d'individus en peu de temps.

Ce que craignent les scientifiques, c'est que C. auris se fasse plus fréquent dans les hôpitaux ou au sein de la population générale et finisse par envenimer la crise grandissante des supergermes qui ont déjà infecté des millions de personnes à travers le monde. Depuis l'année dernière, les CDC considèrent C. auris comme l'une des plus grandes menaces résistantes aux médicaments en Amérique. À présent, même s'il est encore tôt pour établir un lien direct, les États-Unis ont tout de même enregistré 1 272 cas confirmés de C. auris en 2020, soit une augmentation de 400 % par rapport au nombre total de cas enregistrés en 2018, l'année la plus récente pour laquelle les scientifiques disposent de données.

Néanmoins, le nombre réel de cas est probablement bien plus élevé cette année, car la pandémie de COVID-19 a mis en suspens la surveillance des maladies à C. auris dans les hôpitaux et le germe envahit fréquemment la peau d'une personne sans générer de symptômes.

Ces supergermes pourraient également être en partie responsables des dizaines de milliers de morts excédentaires de l'ère Covid, ce qui explique pourquoi les médecins du monde entier en arrivent aujourd'hui à tirer le signal d'alarme.

« COMMENT ALLONS-NOUS LES SOIGNER ? »

En 2011, Anuradha Chowdhary travaillait dans son laboratoire de New Delhi lorsqu'elle a reçu un lot inattendu d'échantillons sanguins en provenance de deux hôpitaux de la ville tentaculaire. De mystérieuses infections fongiques avaient vu le jour dans leurs unités de soins intensifs et néonatals, ce qui les avait poussés à se rapprocher du Dr Chowdhary, professeur de mycologie médicale au Vallabhbhai Patel Chest Institute de l'université de Delhi, afin qu'elle identifie les germes à travers un dépistage génétique et leur propose un traitement. Les résultats de son analyse l'avaient sidérée.

Les échantillons de levure, ou isolats, prélevés sur les patients ne figuraient pas dans le système d'identification que les laboratoires de microbiologie utilisent pour suivre les infections fongiques, explique-t-elle. « C'était Candida auris. Et je me souviens avoir dû demander : "C'est quoi C. auris ?" »

Le supergerme avait été identifié pour la première fois deux ans auparavant dans l'oreille d'un patient, d'où le nom « auris » qui signifie oreille en latin, mais Chowdhary ne l'avait jamais croisé jusque-là. À sa grande surprise, l'ensemble des spécimens étaient résistants au fluconazole, le médicament de première intention pour le traitement des infections à levure ou à champignon. Depuis la parution de l'étude menée par Chowdhary et son équipe en 2013, les chercheurs ont appris que C. auris était presque toujours résistant à ce médicament et aux autres composés de sa famille, les azoles. Certaines formes sont également insensibles aux deux autres classes majeures de médicaments antifongiques.

C'est pour cette raison que Chowdhary a décidé de s'intéresser aux patients atteints d'une forme sévère de la COVID-19 admis dans une unité de soins intensifs de Delhi où ils ont ensuite développé une candidémie, une infection fongique du système sanguin provoquée par une levure de la famille Candida. Dans une brève étude publiée le 27 août, l'équipe de Chowdhary constate que 10 à 15 de ces patients ont été infectés par une forme résistante de C. auris, probablement lors de leur séjour à l'hôpital.

Le fluconazole n'avait aucun effet sur l'ensemble des isolats de C. auris et quatre d'entre eux étaient également résistants à l'amphotéricine B, un antifongique de seconde intention. La résistance à deux classes de médicaments est particulièrement préoccupante car l'Inde dispose d'un accès limité à la troisième option de traitement antifongique : les échinocandines. Six des patients sont morts.

« Ce qui nous préoccupe à l'heure actuelle, c'est de voir des cas publiés de patients atteints de la COVID-19 et d'autres infections fongiques, avec des maladies sévères et parfois des décès, » témoigne Rhodes, alors qu'elles et d'autres praticiens du Royaume-Uni affrontent à présent la vague automnale de coronavirus. « On s'attend à connaître la même chose avec C. auris. »

Rhodes et Chowdhary mettent toutes deux l'accent sur l'importance des tests et du suivi des contacts, autant de procédures essentielles dans le contrôle de la COVID-19 qui s'avèrent également cruciales pour lutter contre la propagation de C. auris. Elles insistent pour que les patients soient systématiquement dépistés pour le supergerme, ce qui implique de prélever un échantillon cutané, sanguin ou urinaire à tester pour l'ADN de la levure. Lorsqu'un patient est positif à C. auris, il faut alors procéder à un test de sensibilité afin de déterminer si l'une des trois classes d'antifongique peut enrayer l'infection.

Ces stratégies peuvent aider à suivre les décès causés par le supergerme, un processus souvent compliqué car les germes sont généralement acquis à l'hôpital par des personnes déjà atteintes d'une autre maladie.

« Si nous ne l'identifions pas, alors nous ne saurons pas si le patient est mort de la COVID-19 ou d'une autre infection, » explique Chowdhary, mais « en cas de résistance aux médicaments, comment allons-nous les soigner ? »

UNE PANDÉMIE À DOUBLE TRANCHANT

En 2019, l'Organisation mondiale de la santé a intégré la résistance aux antibiotiques à sa liste des dix plus grandes menaces qui pèsent sur la santé mondiale. L'agence craint le retour d'une époque où les infections facilement curables, comme la tuberculose et la gonorrhée, ne pourront plus être maintenues sous contrôle.

L'utilisation excessive des antibiotiques à travers le monde chez l'Homme et les animaux d'élevage a été pointée du doigt comme cause potentielle de l'émergence des supergermes. Cela dit, le fondateur et directeur du Center for Disease Dynamics, Economics & Policy de Washington, Ramanan Laxminarayan, et ses collègues s'inquiètent du rôle que jouera le changement climatique à l'avenir dans la propagation des infections fongiques.

Un article de synthèse publié l'année dernière dans mBio, la revue de la Société américaine de microbiologie, suggère que C. auris « serait le premier exemple d'une nouvelle maladie fongique émergeant du changement climatique. » Lorsque nous souffrons d'une infection, notre moyen de défense est souvent la fièvre. L'augmentation de notre température tue les germes, c'est le principe de zone d'exclusion thermique des mammifères. Le rapport soutient qu'en s'adaptant à des températures environnementales plus élevées, les espèces de champignon unicellulaire du genre C. auris pourraient passer outre cette défense thermique. Cela signifie qu'à l'avenir nous pourrions assister non seulement à une propagation des infections fongiques existantes, mais aussi à l'émergence de nouvelles infections chez l'Homme.

« La résistance des champignons pourrait s'avérer aussi dangereuse que la résistance aux antibiotiques, » indique Laxminarayan, en référence aux superbactéries comme Clostridioides difficile ou aux formes multirésistantes de la tuberculose. Ces puissantes bactéries sont responsables de 99 % des 2,8 millions d'infections aux supergermes signalées chaque année aux États-Unis, pour un total de 35 000 morts environ.

L'Inde est depuis longtemps perçue comme un foyer de la résistance aux médicaments et aujourd'hui le pays est devenu l'épicentre asiatique de la COVID-19. À New Delhi, la moitié du personnel du laboratoire d'Anuradha Chowdhary a récemment été testée positive à la COVID-19. Deux employés sont morts. Malgré cette période difficile, la Dr Chowdhary se satisfait de la prise de conscience face aux dangers de la levure C. auris.

« Au départ, tout le monde pensait que ce problème ne concernait que l'Inde, que ce n'était en aucun cas leur problème, » dit-elle. « Je devais me battre et je travaillais seule mais je suis contente de voir que le monde commence à se pencher sur le sujet. Les infections fongiques ne doivent pas être négligées. »

Cet article a initialement paru sur le site nationalgeographic.com en langue anglaise.