Combien de temps le COVID-19 reste-t-il dans l'organisme ?

La plupart des patients atteints du COVID-19 se remettent de leur infection aiguë dans les deux semaines, mais certains fragments du virus peuvent mettre du temps à disparaître de l’organisme. Une nouvelle étude, l’une des plus importantes portant sur des personnes hospitalisées en raison du COVID-19, montre que certains patients peuvent continuer à porter ces résidus viraux pendant des semaines, voire des mois après la disparition de leurs symptômes primaires.

L’étude suggère que lorsque le matériel génétique du virus, appelé ARN, persiste dans l’organisme pendant plus de quatorze jours, les patients peuvent être confrontés à de plus graves conséquences, souffrir de délire, rester plus longtemps à l’hôpital et avoir un risque plus élevé de mourir du COVID-19 par rapport à ceux qui ont éliminé le virus plus rapidement. La persistance du virus peut également jouer un rôle dans les COVID longs, c’est-à-dire lorsque les symptômes peuvent durer pendant des mois. Selon les estimations, rien qu’aux États-Unis, entre 7,7 et 23 millions de personnes, sont aujourd’hui touchées par le COVID long.

En l’absence d’immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure, le SARS-CoV-2, le virus à l’origine du COVID-19, se reproduit et se propage dans tout l’organisme et est excrété par le nez, la bouche et le système digestif. Mais pour la plupart des personnes infectées, les niveaux de virus dans l’organisme atteignent leur maximum entre trois et six jours après la contamination, et le système immunitaire élimine l’agent pathogène dans les dix jours. En général, le virus excrété après cette période n’est plus contagieux.

Même en tenant compte de la gravité de la maladie, et de si les patients ont dû être intubés ou présentaient des comorbidités médicales sous-jacentes, « quelque chose indique que les patients qui continuent à être positifs aux tests PCR souffrent davantage de la maladie », déclare Ayush Batra, neurologue à la Northwestern University Feinberg School of Medicine, qui a dirigé la nouvelle étude.

L’étude de Batra montre que les patients qui ont excrété du virus pendant plus longtemps lors d’une infection aiguë risquent de subir des conséquences plus graves à cause du COVID-19, selon Timothy Henrich, virologue et immunologiste à l’université de Californie à San Francisco, qui n’a pas participé à la nouvelle étude. Mais celle-ci ne cherche pas à savoir si ce virus persistant est directement responsable du COVID long.

« De nombreuses hypothèses majeures existent quant à la cause du COVID long, et notamment la persistance virale. Il se peut que plusieurs processus rentrent en jeu, peut-être à des degrés différents chez une même personne », explique Linda Geng, médecin au Stanford Health Care, qui codirige une clinique spécialisée ouverte récemment pour traiter les personnes souffrant de COVID long.

LA PERSISTANCE DE VIRUS CAUSE UN COVID-19 PLUS SÉVÈRE

Batra et son équipe ont commencé à étudier les infections persistantes de coronavirus après avoir observé que certains patients qui revenaient à l’hôpital étaient toujours testés positifs au virus quatre ou cinq semaines après le diagnostic initial de l’infection.

Pour leur nouvelle étude, l’équipe a analysé 2 518 patients hospitalisés dans le système de santé Northwestern Medicine entre mars et août 2020. Ils se sont concentrés sur les tests PCR, qui sont considérés comme la référence absolue puisqu’ils détectent le matériel génétique du virus, et sont donc très sensibles et moins susceptibles de donner des faux négatifs.

L’équipe a constaté que 42 % des patients continuaient à avoir un test PCR positif deux semaines ou plus après le diagnostic initial. Après plus de 90 jours, 12 % des personnes qui excrétaient encore du virus étaient toujours positives ; une personne a même été testée positive 269 jours après l’infection initiale.

La persistance virale a déjà été constatée dans des études antérieures de plus petite envergure. Les chercheurs ont montré que même des patients ne présentant pas de symptômes évidents de COVID-19 avaient porté le SARS-CoV-2 pendant quelques mois, voire plus. Chez certains patients immunodéprimés, le virus peut ne pas être éliminé avant un an. Dans le cadre d’un essai sur l’infection chronique par le COVID-19 à Stanford, 4 % des patients continuaient à excréter de l’ARN viral dans les selles sept mois après le diagnostic. Cependant, l’étude de Batra montre que davantage de patients mettent plus de temps à éliminer le virus qu’on ne le pensait auparavant.

« L’excrétion persistante d’ARN signifierait qu’il existe encore un réservoir de virus quelque part dans l’organisme », explique Michael VanElzakker, neuroscientifique affilié au Massachusetts General Hospital, à la Harvard Medical School et à la Tufts University. De tels réservoirs permettraient au virus de persister sur une longue période et pourraient ainsi déclencher une réaction anormale du système immunitaire, ce qui pourrait être à l’origine du COVID long.

« Certains patients, pour diverses raisons, ne sont pas en mesure d’éliminer ce réservoir, ou alors leur système immunitaire réagit de manière anormale, ce qui entraîne des symptômes persistants que l’on qualifie de COVID long », explique Batra.

Pourtant, de nombreux scientifiques ne pensent pas que suffisamment de preuves existent pour établir un lien entre la persistance de l’ARN viral et le COVID long.

DES VIRUS DORMANTS

La liste des tissus de l’organisme dans lesquels le SARS-CoV-2 se cache longtemps après l’infection initiale s’allonge. Des études ont identifié le virus, ou son matériel génétique, dans les intestins de patients quatre mois après l’infection initiale, et à l’intérieur du poumon d’un donneur décédé plus de 100 jours après s’être remis du COVID-19. Une étude qui n’a pas encore été approuvée a également détecté du virus dans les tissus de l’appendice et du sein respectivement 175 et 462 jours après les infections. Enfin, une étude des National Institutes of Health des États-Unis, qui n’a pas encore été approuvée, a détecté la persistance de l’ARN du SARS-CoV-2 à de faibles niveaux dans plusieurs tissus pendant plus de sept mois, et ce même s’il était indétectable dans le sang.

« Il n’est pas surprenant de trouver des virus rencontrés au cours de la vie » qui survivent dans les tissus de l’organisme, déclare Kei Sato, virologue à l’université de Tokyo. En effet, les travaux de Sato ont montré que les humains accumulent fréquemment des virus tels que le virus d’Epstein-Barr, ou le virus varicelle-zona (qui provoque la varicelle) et de nombreux herpèsvirus sous des formes dormantes. Ces virus persistants sont généralement présents à de faibles niveaux, de sorte que seul un séquençage génétique approfondi permet de les identifier.

Cela montre à quel point il est compliqué de prouver ou de réfuter l’association entre le SARS-CoV-2 persistant et le COVID long. Le zona, par exemple, survient des décennies après une infection par la varicelle, lorsque le virus latent est réactivé en raison d’un stress immunitaire.

De même, la persistance du SARS-CoV-2 pourrait entraîner des problèmes de santé à long terme. Selon Henrich, lorsque le virus est implanté dans des tissus profonds, il peut faire basculer le système immunitaire dans une réaction inflammatoire déréglée. Un tel état est « probablement la preuve que le virus est capable de persister, et peut-être même de s’installer dans une sorte de trêve précaire avec l’organisme », déclare VanElzakker.

Néanmoins, des études approfondies seront nécessaires pour lier un virus persistant à un COVID long. « Nous n’en savons toujours pas assez pour tirer des conclusions solides sur l’un ou l’autre des mécanismes proposés actuellement, mais des recherches actives sont menées pour répondre à ces questions », déclare Geng.

RETIRER LE VIRUS PERSISTANT POUR GUÉRIR LE COVID LONG ?

Les groupes de Geng et de Henrich ont tous deux rapporté des études de cas préliminaires montrant une amélioration des symptômes du COVID long quand les patients ont été traités avec l’antiviral Paxlovid contre le COVID-19 de Pfizer. Le Paxlovid empêche le virus de se répliquer, c’est pourquoi certains experts pensent qu’il peut éliminer tout virus persistant. Mais l’auteur et l’autrice invitent tous les deux à faire preuve de prudence et à ne pas supposer trop vite que le Paxlovid sera assez sûr, efficace ou même suffisant pour constituer un remède fiable contre le COVID long.

« Quelques hypothèses sont intéressantes concernant la façon dont le Paxlovid pourrait être utile dans le traitement du COVID long, mais nous aurions besoin de davantage de recherches et d’essais cliniques avant de tirer des conclusions », dit Geng.

La Food and Drug Administration des États-Unis a mis en garde contre les utilisations non indiquées du Paxlovid, qui n’est pas approuvé pour le traitement du COVID long. L’organisme a donné une autorisation d’utilisation d’urgence au Paxlovid pour traiter le COVID-19 léger à modéré chez les personnes qui risquent de développer une maladie grave, deux fois par jour pendant cinq jours peu après un test positif.

« Il serait important de penser à la durée optimale du traitement [du Paxlovid] pour garantir des résultats à long terme et durables », déclare Geng.

Le président Joe Biden a demandé à son secrétaire à la Santé et aux Services sociaux de créer un plan d’action national sur le COVID-19, et les National Institues of Health ont lancé une étude pluriannuelle appelée RECOVER pour comprendre, prévenir et traiter les effets sanitaires à long terme liés au COVID-19.

En attendant, les vaccins continuent non seulement de protéger contre les maladies graves, mais de nouvelles preuves indiquent qu’ils peuvent également prévenir de nombreux symptômes du COVID long. Une nouvelle étude a comparé 1,5 million de patients non vaccinés atteints du COVID-19 à 25 225 patients vaccinés souffrant d’infections malgré leur vaccination. Elle a révélé que les vaccins réduisaient de manière significative le risque de développer des symptômes de COVID long vingt-huit jours après une infection. L’effet protecteur de la vaccination était encore plus important quatre-vingt-dix jours après l’infection.

« Bien que la majorité des personnes ne développent pas de COVID long, il s’agit d’un risque réel, et le COVID ne s’arrête pas après les dix premiers jours de l’infection », déclare Henrich. « Pour ceux qui ne prennent pas le COVID assez au sérieux, il peut réellement changer leur vie. »