COVID-19 : ce que nous savons du sous-variant BA.2 d'Omicron

« La première vague Omicron est arrivée alors que de nombreuses personnes étaient déjà vaccinées, de sorte qu'elle a semblé causer une maladie moins grave et a eu la réputation d'être bénigne, » explique Ben Cowling, épidémiologiste à l'université de Hong Kong. Mais « forme bénine » n'était que le terme très relatif par rapport à la maladie très grave que le variant Delta, précédemment dominant, avait provoquée.

Melinda Maldonado, responsable communication à Toronto, était triplement vaccinée lorsqu’elle a contracté le virus en décembre 2021, au plus fort de la vague Omicron au Canada. Elle a été clouée au lit pendant des semaines et, trois mois plus tard, elle souffre toujours d’une fatigue débilitante, de brouillard cérébral et de désorientation.

« Quand les gens disent "léger", ils veulent dire que vous n’êtes pas en train de mourir, que vous n’allez pas finir aux soins intensifs », explique Maldonado. « Pour moi, ce que j’ai eu n’était pas léger. »

Aujourd’hui, de plus en plus de preuves indiquent que le sous-variant BA.2 est encore plus contagieux que la première forme d’Omicron, qu’il produit davantage de particules virales lors de la contamination et qu’elle provoque des cas de COVID-19 qui durent plus longtemps.

POURQUOI BA.2 CAUSERAIT-IL DES SYMPTÔMES PLUS SÉVÈRES ?

La forme antérieure d’Omicron, appelée BA.1, était plus contagieuse que les variants précédents, mais causait moins de lésions pulmonaires que Delta car elle restait principalement dans les voies respiratoires supérieures, selon Guowei Wei, mathématicien et biologiste moléculaire à l’université d’État du Michigan, dont le modèle d’intelligence artificielle avait prédit qu’Omicron serait très contagieux. Pourtant, les vaccins actuels protègent contre BA.1 qui, dans la plupart des cas, provoque une maladie moins grave que les variants précédents chez les personnes vaccinées et chez celles qui avaient une certaine immunité à la suite d’une infection antérieure.

Des études ont montré que le risque global de symptômes sévères avec Omicron était plus faible que pour le variant Delta. Mais le risque d’hospitalisation chez les enfants de moins de 10 ans ne variait pas significativement entre Omicron et Delta, et les infections à Omicron ont entraîné une augmentation des hospitalisations des très jeunes enfants.

Une autre étude a montré que chez les enfants, Omicron provoquait trois fois plus d’hospitalisations en raison d’infections respiratoires que les variants précédents.

Il semble maintenant que BA.2 pourrait être encore plus inquiétant. Au Royaume-Uni, le nombre de cas enregistrés pendant la vague actuelle de BA.2 est bien inférieur à celui de la vague d’Omicron fin décembre 2021, mais le nombre d’hospitalisations est quasiment le même.

Une étude qui doit encore être validée suggère les raisons pour lesquelles BA.2 pourrait être plus sévère. Une équipe dirigée par Kei Sato, virologue à l’université de Tokyo, a créé une version synthétique de BA.2 en laboratoire et a constaté qu’il se développait plus rapidement dans les cellules qui tapissent les voies nasales, et qu’il avait davantage tendance à s’attaquer aux poumons. Cette copie de BA.2 a également provoqué des maladies plus sévères chez les hamsters que son équivalent BA.1.

Les recherches suggèrent que des mutations dans la protéine de spicule de BA.2, c’est-à-dire la partie du virus qui se lie aux cellules, lui permettent d’éviter les anticorps présents suite à une infection antérieure par BA.1.

Une autre étude de Cowling et de son équipe, qui n’a pas encore été validée, montre qu’à Hong Kong, une infection par le variant BA.2 est aussi sévère qu’elle ne l’était avec le variant original de SARS-CoV-2 pour les personnes non vaccinées de tout âge.

« À Hong Kong, et en ce moment même à Shanghai, je ne pense pas que le [BA.2] soit aussi léger que les gens le pensaient », affirme Cowling.

LES VACCINS SONT-ILS TOUJOURS EFFICACES CONTRE BA.2 ?

Les données disponibles montrent que les vaccins actuellement autorisés protègent des infections sévères et des hospitalisations dues au COVID-19, davantage en cas de BA.2 que de BA.1.

Les populations du Danemark et de l’Afrique du Sud ont actuellement des niveaux d’immunité élevés, respectivement dus à la vaccination et aux infections antérieures. Mais les données des deux pays montrent que le niveau de gravité ne varie pas significativement entre BA.2 et BA.1. De plus, il est possible d’être réinfecté par d’autres sous-variants d’Omicron, bien qu’au Danemark, pays au haut taux de vaccination, la réinfection ait été rare et ait principalement touché les personnes jeunes et non vaccinées.

Les doses de rappel sont également très prometteuses pour protéger les individus contre toutes les formes d’Omicron.

Diverses études ont montré qu’une troisième dose, ou une contamination chez une personne vaccinée, peut raviver la mémoire du système immunitaire et produire des anticorps qui sont efficaces contre tous les variants, y compris Omicron. Barouch, de Harvard, a dirigé une étude montrant qu’une troisième dose de vaccin est indispensable pour produire des niveaux d’anticorps suffisants contre BA.2, tout comme elle l’était pour offrir une protection complète contre BA.1.

Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC), principale agence fédérale des États-Unis en matière de protection de la santé publique, recommandent désormais une quatrième dose de vaccin pour les personnes âgées de 50 ans et plus, quatre mois après la troisième dose, et une dose supplémentaire pour les personnes immunodéprimées, comme les patients atteints de cancer. Dans une étude qui n’a pas encore été validée, une quatrième dose a permis de réduire considérablement les cas d’infection chez les professionnels de santé vaccinés présentant un risque d’exposition élevé, et ce même au plus fort de la première vague d’Omicron. En outre, les doses de rappel réduisent considérablement les risques de transmission du virus.

En revanche, l’étude de Hong Kong a révélé que les conséquences peuvent être graves chez les personnes non vaccinées infectées par l’un des sous-variants d’Omicron, y compris par BA.2.

D’AUTRES VARIANTS SONT À VENIR

Alors que le SARS-CoV-2 continue de se propager et de muter dans le monde entier, notamment en raison de la lassitude qui se fait sentir face à la pandémie, des recombinants de variants continuent également de se former. Le sous-variant XE récemment découvert, qui est une combinaison de BA.1 et BA.2, commence par exemple à se propager : bien que les cas soient encore relativement rares, ils ont suffisamment augmenté pour que l’Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni estime qu’il est environ 10 % plus contagieux que BA.2.

Pendant ce temps, un nouveau descendant de BA.2, appelé BA.2.12.1, se propage encore plus vite, causant déjà 20 % de tous les cas aux États-Unis dans le mois qui a suivi sa découverte début mars. Des estimations antérieures montrent que cette souche se propage plus rapidement que les précédentes, et qu’elle pourrait esquiver plus efficacement les anticorps du système immunitaire.

« Il existe en fait de nombreuses nouvelles versions d’Omicron, pas seulement deux. Et dans certains cas, elles semblent même surpasser BA.2 », explique Barouch.

Pour Saad Omer, épidémiologiste et directeur de l’Institut de Yale pour la santé mondiale, dans le Connecticut, au vu de la situation, les États-Unis devraient « recharger leur programme de vaccination » afin d’éviter une recrudescence probable cet automne et cet hiver.

Outre les vaccins, les masques se sont avérés efficaces pour limiter le risque de contracter le virus, à la fois en réduisant la propagation des matières virales provenant d’une personne infectée et en réduisant les risques d’infection. Et les experts soulignent que l’objectif devrait vraiment être d’éviter la contamination, car les séquelles du COVID-19, et notamment l’ensemble des symptômes que l’on appelle communément le COVID long, peuvent être débilitantes.

« Je pensais que si je contractais le COVID, je n’aurais que des reniflements parce que c’est le récit que l’on entend le plus », confie Melinda Maldonado. « Je veux que les gens prennent en compte les risques lorsqu’ils pensent à tout rouvrir et à ne plus porter de masque, car on ne sait jamais vraiment si ça peut nous arriver à nous. »