COVID-19 : le variant Lambda progresse rapidement en Amérique du Sud

Alors qu’il a très peu fait parler de lui au cours des neuf derniers mois, le variant Lambda du coronavirus est désormais responsable de la quasi-totalité des nouveaux cas de COVID-19 au Pérou.

Également désigné C.37, le variant Lambda a été détecté pour la première fois au Pérou en août 2020. Il s’est depuis propagé à 29 pays, principalement situés en Amérique latine. Depuis le 20 janvier 2021, 668 personnes ont été infectées par le variant Lambda aux États-Unis. Au Pérou, il est désormais responsable de plus de 90 % des nouveaux cas de COVID-19 ; une très forte augmentation par rapport au mois de décembre, où il représentait moins de 0,5 % des cas. Le pays a déjà payé le plus lourd tribut au monde dû à la COVID-19, la maladie ayant causé la mort de 0,54 % de la population.

Lors d’une conférence de presse, le ministre péruvien de la Santé, Óscar Ugarte, a indiqué que le variant Lambda avait sans doute causé le grand nombre d’infections lors de la seconde vague qui a frappé le pays entre fin mars et avril. Au Chili, pays voisin qui utilise comme vaccin principal le CoronaVac chinois, le variant Lambda représente 31 % des cas séquencés au cours des 60 derniers jours. Le nombre de cas reste élevé alors que 58,6 % de la population chilienne est complètement vaccinée et que 10 % supplémentaires ont déjà reçu une première dose. La faible efficacité du vaccin explique en partie cette situation ; selon une étude de l’université du Chili, l’efficacité d’une seule dose du vaccin CoronaVac s’élève à seulement 3 %, mais passe à 56,5 % après la deuxième injection.

« Les taux d’infection si élevés au Chili laissent perplexe et sont probablement dus à plusieurs facteurs. En raison de la couverture vaccinale élevée dans le pays, les restrictions ont été assouplies un peu trop tôt et cela pourrait expliquer la hausse des cas », explique Pablo Tsukayama, microbiologiste à l’université Peruana Cayetano Heredia de Lima, au Pérou. Le scientifique a été le premier à détecter le variant Lambda alors qu’il procédait au séquençage quotidien d’échantillons déposés entre janvier et mars 2021. « Il se peut aussi que les principaux variants qui circulent, à savoir Gamma et Lambda, présentent des caractéristiques leur permettant d’échapper au système immunitaire, ce qui se traduit par une baisse de l’efficacité des vaccins », ajoute-t-il.

Dans l’éventualité où le variant Lambda pourrait contourner le système immunitaire, l’Organisation mondiale de la Santé l’a jugé comme variant à suivre (VOI) le 14 juin dernier. L’OMS classe un virus comme VOI lorsqu’il présente des modifications génétiques suffisamment importantes pour affecter sa transmissibilité, la gravité de la maladie, l’échappement immunitaire, la capacité d’échapper au diagnostic ou au traitement ; et s’il cause une transmission communautaire rapide.

Alors que seuls 8 % de la population mondiale vit en Amérique latine, la région représente plus de 20 % des cas de coronavirus au monde et 32 % des décès liés à la COVID-19. Elle enregistre aussi plus de la moitié des décès au niveau mondial. Au Honduras et au Guatemala notamment, ce chiffre est inférieur à 1 %.

« Nous risquons d’être confrontés à une autre situation critique dans les prochaines semaines en Amérique latine », confie Alfonso Rodriguez-Morales, épidémiologiste et vice-président de l’Association colombienne des maladies infectieuses. En cause : les programmes de vaccination de certains pays qui n’ont pas encore permis de vacciner complètement plus de 5 à 10 % de la population. « Il y a urgence », ajoute l’épidémiologiste.

POURQUOI LES VARIANTS SONT-ILS SI DIFFICILES À DÉTECTER ?

Si le variant Lambda est passé inaperçu pendant de nombreux mois, c’est parce qu’il était souvent confondu avec le variant Gamma. Également connu sous le nom de P.1, celui-ci a été observé pour la première fois au Brésil.

Disposant de ressources limitées, l’Institut péruvien de la santé utilise une méthode de détection rapide et abordable, basée sur les modifications portées au niveau du gène ORF1ab du virus. Problème : celle-ci ne permet pas de distinguer le variant Lambda des variants Beta et Gammagenetic. La détection de ce dernier nécessite le recours au séquençage génétique, un processus coûteux et chronophage.

« Nous disposons de capacités très limitées dans la région pour mener une surveillance génomique. C’est pour cela qu’il est difficile d’estimer la prévalence totale du variant Lambda. Il n’est pas non plus aisé de savoir pourquoi un variant devient dominant. Il est donc essentiel que nous augmentions les capacités de séquençage partout, pas seulement aux États-Unis et en Europe », remarque Pablo Tsukayama.

QUELLES SONT LES MODIFICATIONS PORTÉES PAR LE VARIANT LAMBDA ?

Si le variant Lambda est si inhabituel, c’est à cause de la manière dont sa protéine Spike est altérée par rapport à d’autres variants. Elle présente des mutations en 14 positions, notamment la délétion d’une longue chaîne de sept acides aminés d’une zone de la protéine Spike appelée « extrémité N-terminale » ou NTD. En plus de cela, le variant Lambda présente d’autres mutations dans le gène ORF1ab que l’on retrouve chez d’autres variants problématiques, à savoir Alpha, Beta et Gamma.

Le gène ORF1ab code une protéine de grande taille, dont une partie favorise la réplication du coronavirus et l’inhibition du système immunitaire. En raison de son importance, les scientifiques travaillent déjà sur des traitements antiviraux ciblant les protéines ORF1ab.

Les sept acides aminés de la NTD concernés par la délétion appartiennent à un supersite NTD où la protéine Spike est attaquée par de nombreux puissants anticorps de l’organisme. La plupart des variants, notamment Alpha, Beta et Gamma, portent également des mutations dans cette zone, ce qui laisse penser qu’elle jouerait un rôle important dans l’évolution du virus.

« Comme la NTD n’est pas essentielle à l’exécution de fonctions importantes du virus, il est plus facile pour celui-ci de muter et de rester viable de manière à échapper à la réponse aux anticorps existante », explique Shee-Mei Lok, scientifique spécialiste des maladies infectieuses à l’université nationale de Singapour.

Les anticorps anti-NTD produits naturellement par l’organisme sont susceptibles d’empêcher les virus suivants d’entrer dans la cellule, et ce même s’ils se sont attachés au récepteur ACE2 situé sur la surface de la cellule. Voilà pourquoi les fabricants de vaccins s’y intéressent.

Le variant Lambda présente également une mutation unique, portée en position 452. Une position qui a également fait l’objet de mutations chez d’autres variants très contagieux, à savoir Delta, Delta Plus, Epsilon et Kappa. Bien que cette mutation L452Q du variant Lambda n’a jamais été observée auparavant, les scientifiques prédisent que les mutations en position 452 accroissent la capacité du SARS-CoV-2 à infecter une cellule.

La position 452 est située dans une partie de la protéine Spike interagissant directement avec la protéine du récepteur ACE2, que l’on retrouve sur les cellules pulmonaires et autres cellules humaines. C’est cette interaction qui permet au virus d’entrer dans l’organisme. « Pour de nombreuses personnes, la position 452 neutralise les anticorps. Les mutations portées en cette position peuvent résulter en une diminution de la fixation, et donc de la protection offerte par certains vaccins chez certains individus, notamment ceux présentant des réactions immunitaires marginales », indique Michael Diamond, immunologue à l’école de médecine de l’université de Washington.

Evgeni Sokurenko, microbiologiste à l’université de Washington, a démontré qu’une seule mutation portée en cette position pourrait avoir provoqué l’expansion rapide et récente des variants de la COVID-19. L452R, une mutation similaire détectée dans le variant Epsilon, est responsable d’une infectiosité plus élevée, accroît la capacité du virus à se développer et réduit l’activité neutralisante de nombreux anticorps.

Dans une étude qui n'a pas été revue par les pairs, Nathaniel Landau, microbiologiste à l’école de médecine Grossman de l’université de New York, a découvert que la mutation L452Q rendait un virus semblable au variant Lambda créé en laboratoire deux fois plus infectieux que le variant SARS-CoV-2 initial. D’autres mutations détectées dans le variant Lambda n’ont aucun effet significatif sur l’infectiosité. Une autre étude qui attend aussi d’être revue par les pairs confirme que le variant Lambda est plus contagieux que les variants Gamma et Alpha.

LES VACCINS SONT-ILS EFFICACES CONTRE LE VARIANT LAMBDA ?

Les études sur le variant Lambda sont rares. Néanmoins, les premières conclusions suggèrent que les vaccins actuels restent efficaces face au variant, bien qu'ils le soient sans doute un peu moins que face au virus original.

« Nous pensons que les vaccins à ARNm, ceux de Moderna et Pfizer, protégeront très bien contre le variant Lambda, de la même manière qu’ils protègent contre le variant Delta. Même si tous les anticorps n’agiront pas contre les variants, ils seront suffisamment nombreux pour lutter contre le virus et s’en débarrasser », assure Nathaniel Landau, auteur d’une des études.

Selon une autre étude qui n’a pas été revue par des pairs, le variant Lambda parviendrait à échapper aux anticorps neutralisants produits par le vaccin CoronaVac, développé par la Chine et approuvé par l’OMS. Néanmoins, « nous ne disposons pas encore d’éléments pour affirmer que le variant Lambda est plus contagieux, qu’il est capable d’infecter des personnes après injection du vaccin, qu’il cause davantage de formes graves de la maladie ou présente un taux de mortalité supérieur », précise Ricardo Soto Rifo, auteur principal de cette recherche et virologue à l’Institut des sciences biomédicales de Santiago, au Chili.

Bien que l’efficacité des deux doses de CoronaVac, un vaccin viral inactivé disponible dans la plupart des pays d’Amérique latine, est considérée comme étant moindre que celle des vaccins à ARNm, il offre une protection suffisante contre les formes graves de COVID-19 qui peuvent être fatales.

En dépit du scepticisme qui entoure l’efficacité du CoronaVac contre les nouveaux variants, Herbet Virgin, immunologue, membre de l’Académie nationale des Sciences et chef de la direction scientifique de Vir Biotechnology, recommande à tous de se faire vacciner avec les vaccins autorisés disponibles dans leur pays. « Si vous ne vous faites pas vacciner, le virus va muter », ajoute-t-il.

La progression d’un nouveau variant tel que le variant Lambda dans un pays à l’autre bout de la planète est source d’inquiétudes, mais il est important de rester vigilant et de respecter les mesures sanitaires. « Le variant Lambda n’est pas plus effrayant que le variant Delta. Tous deux sont des virus très contagieux. Si vous vous faites vacciner, il y a de grandes chances pour que vous soyez protégé, » conseille Nathaniel Landau. « Le taux d’infection de ces virus diminue dans les régions où les personnes se font vacciner ».