La COVID-19 fera sans doute partie de nos vies pour toujours. Comment apprendre à vivre avec ?

À mesure que la COVID-19 continue sur sa lancée, l'issue la plus probable au long terme est que le virus devienne endémique dans diverses régions du monde, c'est-à-dire qu'il circule en permanence au sein des populations humaines avec cependant un nombre réduit de cas graves. Après des années ou même des décennies, la COVID-19 pourrait devenir une maladie d'enfance bénigne, comme les quatre coronavirus humains qui contribuent au rhume banal.

« Je pense qu'il y aura suffisamment eu de personnes contaminées ou vaccinées pour réduire la transmission d'un individu à l'autre, » déclare Paul Duprex, directeur du Center for Vaccine Research de l'université de Pittsburgh. « Certains groupes ne se feront pas vacciner, il y aura des flambées localisées, mais le virus fera partie des coronavirus "ordinaires". »

Cela dit, cette transition ne se fera pas du jour au lendemain. D'après les experts, la trajectoire post-pandémique du SARS-CoV-2 dépendra essentiellement de trois facteurs : la durée de notre immunité face au virus, le rythme auquel il évolue et la part de la population âgée immunisée pendant la pandémie.

En fonction de ces trois facteurs, le monde pourrait connaître plusieurs années de transition hésitante dans le sillage de la pandémie, une transition marquée par une évolution constante du virus, des épidémies localisées et peut-être plusieurs cycles de vaccinations mises à jour.

« Le public doit prendre conscience que cette maladie ne va pas disparaître, » déclare Roy Anderson, épidémiologiste des maladies infectieuses à l'Imperial College de Londres. « Nous allons pouvoir la gérer grâce aux vaccins et à la médecine moderne, mais ce n'est pas quelque chose qui finira tout simplement par s'en aller. »

VERS UN NOUVEAU RHUME BANAL

L'un des principaux facteurs qui déterminera l'avenir de la COVID-19 est notre immunité face à la maladie. L'immunité contre tout agent pathogène, SARS-CoV-2 y compris, n'est pas binaire comme un interrupteur, mais elle se rapproche plutôt du variateur : notre système immunitaire peut nous offrir différents degrés de protection partielle face à un pathogène et ainsi nous éviter une forme grave de la maladie, sans pour autant empêcher l'infection ou la transmission.

De façon générale, cet effet de protection partielle est l'une des raisons pour lesquelles les quatre coronavirus endémiques chez l'Homme, ceux à l'origine du rhume banal, présentent des symptômes aussi bénins. Une étude publiée en 2013 dans BMC Infectious Diseases montre qu'en moyenne, les humains sont exposés à l'ensemble de ces quatre coronavirus entre l'âge de 3 et 5 ans, avec la première vague d'infections subie par les jeunes enfants.

Ces premières infections posent les fondations de la future réponse immunitaire de l'organisme. À mesure qu'apparaissent de nouveaux variants des coronavirus endémiques, le système immunitaire dispose d'une longueur d'avance pour les combattre, pas suffisante pour éradiquer instantanément le virus, mais assez pour garantir que les symptômes n'iront pas beaucoup plus loin qu'un nez bouché.

« Le virus est également son propre ennemi. À chaque infection, il renforce votre immunité, » déclare Marc Veldhoen, immunologiste à l'université de Lisbonne, au Portugal.

Les études antérieures démontrent clairement que l'immunité partielle peut nous éviter de tomber gravement malades, même lorsque les coronavirus pénètrent notre système. Au long terme, il en ira probablement de même pour le nouveau coronavirus. Chercheuse postdoctorale à l'université Emory, aux États-Unis, Jennie Lavine a modélisé la trajectoire du SARS-CoV-2 post-pandémie en s'appuyant sur les données de l'étude de 2013. Ses résultats, publiés le 12 janvier dans Science, suggèrent que dans l'éventualité où le SARS-CoV-2 se comporte comme les autres coronavirus, il deviendra probablement une nuisance modérée dans les années ou décennies à venir.

Néanmoins, cette transition de pandémie à affection mineure dépend de la durée de notre réponse immunitaire au SARS-CoV-2. Les chercheurs étudient activement la « mémoire immunologique » de notre corps au virus. Une étude publiée dans Science le 6 janvier a suivi la réaction immunitaire de 188 patients COVID pendant cinq à huit mois après leur infection et bien que les résultats individuels variaient, environ 95 % des patients présentaient un niveau mesurable d'immunité.

« L'immunité décroît, mais elle ne disparaît pas, et ce point est essentiel à mes yeux, » déclare Lavine, qui n'a pas pris part à l'étude.

En fait, il est même possible que l'un des coronavirus à l'origine du rhume ait provoqué une épidémie grave au 19^e siècle avant de rejoindre le cortège des agents pathogènes quasiment inoffensifs pour l'Homme. D'après la propagation de son arbre phylogénétique, des chercheurs ont estimé en 2005 que le coronavirus endémique OC43 avait infecté les humains vers la fin du 19^e siècle, probablement au début des années 1890. Cette estimation pousse certains chercheurs à spéculer que la version originale du virus OC43 aurait causé la pandémie de « grippe russe » de 1890, caractérisée par un taux élevé de symptômes neurologiques, un effet notable de la COVID-19.

« Il n'existe aucune preuve matérielle. Toutefois, plusieurs indices suggèrent que ce n'était pas une pandémie de grippe, mais plutôt de coronavirus, » explique Veldhoen.

UN CREUSET D'ÉVOLUTION

Bien que le carnage des précédents coronavirus se soit estompé avec le temps, la route vers une coexistence relativement indolore entre Hommes et SARS-CoV-2 sera probablement cahoteuse. À moyen terme, l'impact du virus dépendra fortement de son évolution.

Le SARS-CoV-2 se propage de façon incontrôlable à travers le monde et à chaque nouvelle réplication, il y a un risque de mutation qui pourrait aider le virus à infecter les hôtes humains avec une plus grande efficacité.

Même s'il nous protège des maladies graves, le système immunitaire humain agit également comme un creuset d'évolution en forçant le virus à sélectionner les mutations qui lui permettent de se fixer plus efficacement aux cellules humaines. Les mois et les années à venir nous montreront à quel point notre système immunitaire est capable de tenir le rythme de ces changements.

Les nouveaux variants du SARS-CoV-2 rendent également plus cruciales que jamais la vaccination généralisée ainsi que les autres mesures de lutte contre la transmission, comme le port du masque et la distanciation. Moins le virus se propage, moins il a l'occasion d'évoluer.

Les vaccins actuels devraient tout de même être efficaces contre les variants émergents, comme la lignée B.1.1.7 découverte au Royaume-Uni, et empêcher de nombreux cas graves. Les vaccins et les infections naturelles créent plusieurs types d'anticorps qui agissent sur diverses régions de la protéine Spike (S) du SARS-CoV-2, ce qui implique qu'une seule mutation n'est pas capable de rendre le virus invisible pour le système immunitaire humain.

Cela dit, les mutations peuvent tout de même produire de futurs variants du SARS-CoV-2 qui résisteront aux vaccins actuels. Dans une prépublication parue le 19 novembre et mise à jour le 19 janvier, Duprex et ses collègues montrent que les mutations qui effacent une partie de la région du génome de SARS-CoV-2 liée à la protéine Spike peuvent empêcher la fixation de certains anticorps.

« S'il y a bien une chose que j'ai apprise de nos précédents travaux, c'est à quel point l'évolution peut être diaboliquement belle, » déclare Duprex.

D'autres laboratoires ont découvert que les mutations de 501Y.V2, le variant apparu en Afrique du Sud, étaient particulièrement efficaces pour aider le virus à échapper aux anticorps. Sur les 44 patients guéris de la COVID-19 en Afrique du Sud, les prélèvements sanguins de 21 patients ne parvenaient pas à neutraliser efficacement le variant 501Y.V2, d'après une autre prépublication parue le 19 janvier. Toutefois, ces 21 patients avaient contracté une forme bénigne à modérée de la COVID-19, leurs niveaux d'anticorps étaient donc plus faibles dès le départ, ce qui pourrait expliquer pourquoi leur sang n'a pas su neutraliser le variant 501Y.V2.

À ce jour, les vaccins actuellement autorisés qui déclenchent une forte production d'anticorps semblent être efficaces contre les variants les plus préoccupants. Dans une troisième prépublication parue le 19 janvier, des chercheurs ont montré que les anticorps produits par 20 personnes ayant reçu les vaccins Moderna ou Pfize-BioNTech ne se fixaient pas aussi bien sur les virus avec les nouvelles mutations qu'ils le faisaient sur les variants précédents ; mais ils se fixent tout de même, ce qui suggère que les vaccins offriront toujours une certaine protection contre les formes graves de la maladie.

Les nouveaux variants font également apparaître de nouvelles menaces. Certains, comme B.1.1.7, semblent plus transmissibles que les formes précédentes du SARS-CoV-2 et s'ils venaient à se propager de façon incontrôlée, ces variants pourraient augmenter considérablement le nombre de formes graves, ce qui risque de surcharger les systèmes de santé à travers le monde et d'alourdir le bilan de mortalité. Veldhoen ajoute que les nouveaux variants présentent un risque accru de réinfection des patients COVID guéris.

Les chercheurs surveillent de près ces nouveaux variants. Si les vaccins devaient être mis à jour, Anderson indique que cela pourra être fait rapidement, en six semaines environ pour les vaccins à ARNm actuellement homologués, comme ceux de Pfizer-BioNTech et Moderna. Ces délais ne tiennent toutefois pas compte des approbations réglementaires dont devraient faire l'objet les nouveaux vaccins.

D'après Anderson, en fonction de l'évolution du virus, il est possible que les lignées émergentes de SARS-CoV-2 soient suffisamment différentes pour nécessiter une adaptation du vaccin à certaines régions spécifiques, un peu comme les vaccins contre les pneumocoques. Afin d'assurer une protection efficace contre le SARS-CoV-2 à l'avenir, nous devrons mettre en place un réseau de surveillance internationale similaire aux laboratoires de référence utilisés pour recueillir, séquencer et étudier les variants de la grippe.

« Nous allons devoir vivre avec ce virus, nous allons devoir procéder à une vaccination constante et nous allons constamment avoir besoin d'un programme sophistiqué de surveillance moléculaire afin de suivre l'évolution du virus, » explique Anderson.

LES ENJEUX DE LA VACCINATION

Les experts s'accordent à dire que la transition après une pandémie dépend de la prévalence de l'immunité, particulièrement au sein des populations âgées et vulnérables. Les plus jeunes, notamment les enfants, développeront une immunité au SARS-CoV-2 à travers une vie d'exposition au virus. Les adultes d'aujourd'hui n'ont pas eu ce luxe et leur système immunitaire s'en trouve donc naïf et exposé.

Le seuil exact pour atteindre une immunité collective qui ralentisse la propagation du virus dépendra de la contagiosité des futurs variant. À ce stade, les recherches sur les premiers variants du SARS-CoV-2 suggèrent qu'au moins 60 à 70 % de la population devra être immunisée pour mettre un terme à la phase pandémique.

Cette immunité peut être atteinte de deux façons : la vaccination à grande échelle ou la guérison après une infection naturelle. Cependant, l'immunité collective à travers une propagation incontrôlée ne se fera pas sans dommages collatéraux : plusieurs centaines de milliers de morts et d'hospitalisations supplémentaires à travers le monde. « Si nous ne voulons pas faire avancer et soutenir la vaccination, nous devons décider ensemble du nombre de personnes âgées que nous souhaitons voir mourir ; et je ne veux pas être la personne qui prendra cette décision, » déclare Duprex.

Jeffrey Shaman est un expert en maladies infectieuses de l'université Columbia ; il attire notre attention sur la façon dont la course internationale au vaccin expose les inégalités existantes dans l'accès aux soins à travers le monde. Dans une carte du mois de décembre largement diffusée, The Economist Intelligence Unit estimait que les pays riches comme les États-membres de l'Union européenne et les États-Unis disposeraient d'un accès étendu aux vaccins dès le début de l'année 2022, ce qui pourrait bien ne pas se produire en Afrique et en Asie avant 2023.

Les efforts de vaccination dans les pays en développement sont en partie suspendus aux vaccins pouvant être stockés à des températures normales de réfrigérations, comme ceux actuellement développés par Oxford/AstraZeneca et Johnson & Johnson.

D'après l'Organisation mondiale de la santé, en date du 18 janvier, environ 40 millions de doses de vaccin contre la COVID-19 ont été administrées à travers le monde, la plupart dans les pays à revenu élevé. En Afrique, seuls deux pays, les Seychelles et la Guinée, ont commencé à distribuer les vaccins. En Guinée, un pays à faible revenu, seules 25 personnes ont reçu une injection.

« La thésaurisation des vaccins ne fera que prolonger l’épreuve et retarder le relèvement de l’Afrique, » déclarait le 21 janvier dans un communiqué la directrice régionale de l'OMS pour l'Afrique, Matshidiso Moeti. « Il est profondément injuste que les Africains les plus vulnérables soient forcés d’attendre des vaccins alors que des populations présentant moins de risques dans les pays riches sont mises en sécurité. »

Alors que les vaccins connaissent un déploiement fragmentaire à travers le monde, certains pays vont probablement rendre obligatoire la vaccination et instaurer une série de mesures visant les voyageurs internationaux. Cependant, si le virus devient endémique et finit par se propager de la même façon que le rhume banal, les vaccins pourraient ne pas être éternellement nécessaires, indique Lavine.

Cela dit, même les meilleures prévisions des chercheurs se heurtent au nuage d'incertitude qui sépare le présent de l'avenir. Les questions de réinfection, de transmission, du poids sur la santé publique dans le sillage de la pandémie et de l'évolution virale se poseront pendant des années, voire des décennies.

« Cela va prendre du temps, malheureusement, » conclut Shaman. « Seul le temps pourra nous en apprendre plus. »

Cet article a initialement paru sur le site nationalgeographic.com en langue anglaise.