Grippe aviaire : deux scénarios qui pourraient mener à une pandémie

En novembre, un adolescent de la vallée du Fraser, en Colombie-Britannique, a consulté un médecin pour une conjonctivite et une toux. Six jours plus tard, l’adolescent a été placé sous respirateur artificiel au BC Children’s Hospital de Vancouver. Il est resté en soins intensifs pendant plusieurs semaines.

En temps normal, un tel état ne ferait pas les gros titres, mais l’enfant a été testé positif à une souche de grippe aviaire, appelée H5N1, dont les experts en maladies infectieuses craignent qu’elle ne devienne la source de la prochaine pandémie humaine.

Le virus est apparu pour la première fois dans des élevages avicoles de Hong Kong en 1997, où il a tué près de 100 % des volailles, provoquant des hémorragies internes et détruisant plusieurs organes, rappelant de manière glaçante la façon dont se comporte le virus Ebola chez les humains. Depuis lors, des vagues successives d’infections, propagées par des oiseaux sauvages, ont frappé les élevages avicoles du monde entier.

Il y a peu, le virus H5N1 a franchi une étape troublante dans son évolution par rapport à l’être humain. En 2022, en Argentine, il a décimé une population d’éléphants de mer, tuant des milliers d’individus avec un taux de mortalité de 97 %. De ce que l’on sait, il s’agissait de la première fois que le virus H5N1 s’implantait chez une espèce de mammifères. Jusqu’alors, les personnes et les autres mammifères qui étaient tombés malades avaient attrapé le virus par contact avec des oiseaux. Les éléphants de mer se transmettaient le virus entre eux.

Lorsque les scientifiques ont pu publier les résultats de leur étude sur ces animaux en juin 2024, le virus H5N1 avait infecté une autre espèce de mammifères : les vaches laitières. Depuis le mois de mars, le virus s’est propagé à plus de huit cents troupeaux dans seize États américains, dont plus de cinq cents en Californie, où il n’est toujours pas maîtrisé. Le 18 décembre, le gouverneur de Californie, Gavin Newsom, a déclaré l’état d’urgence en réaction à l’épidémie.

Aux États-Unis, au moins soixante-et-une personnes ont contracté le virus, la plupart par contact direct avec des oiseaux ou des vaches. En décembre, un enfant du comté de Marin qui avait bu du lait cru, c’est-à-dire non pasteurisé, a souffert d’une poussée de fièvre et de vomissements. Il a plus tard été testé positif au virus H5N1. En décembre, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) ont confirmé le premier cas de grippe aviaire « grave » aux États-Unis ; le patient avait été exposé à des oiseaux malades et morts dans un élevage de basse-cour.

À chaque fois qu’un être humain tombe malade, cela offre au virus une nouvelle opportunité d’acquérir la capacité de se transmettre d’une personne à l’autre. Une fois cette importante barrière franchie, il peut déclencher une pandémie.

Rien ne prouve que le virus H5N1 ait dépassé ce point critique. Il se peut qu’il ne passe jamais ce cap. Toutefois, « compte tenu de ce que nous savons de ces virus, la tendance n’est pas bonne », révèle Matthew Binnicker, microbiologiste spécialiste des maladies respiratoires à la Mayo Clinic de Rochester, dans le Minnesota, ajoutant que de « sérieuses mesures » doivent être prises.

Les experts font part de leur inquiétude quant aux deux principaux moyens par lesquels le virus pourrait commencer à se propager de manière plus aisée entre les personnes. Ils insistent : il n’est ni trop tôt, ni déraisonnable, de se préparer au pire.

1. LES PORCS POURRAIENT ÊTRE LE DÉCLENCHEUR D’UNE PANDÉMIE DE GRIPPE AVIAIRE 

La présence du virus H5N1 au sein de centaines de troupeaux de vaches n’est pas une bonne nouvelle mais ce n’est pas l’animal d’élevage qui est au centre des préoccupations des scientifiques.

Si le virus H5N1 commençait à circuler chez les porcs, les risques d’émergence d’une version humaine augmenteraient de manière considérable. Les porcs peuvent en effet être infectés à la fois par des virus aviaires et des virus humains. Il s’agit littéralement d’un bouillon de culture.

Les virus influenza évoluent très rapidement, en partie car ils sont constitués d’ARN, une molécule génétique dont la structure est proche de celle de l’ADN, mais avec une différence majeure : les virus à ARN ne disposent d’aucun mécanisme de correction lors de la réplication. Ainsi, lorsqu’un virus influenza se réplique à l’intérieur d’une cellule hôte, il est susceptible de commettre des erreurs, ce qui augmente le taux de mutation. Cela signifie qu’un virus à ARN tel que H5N1 est particulièrement apte à évoluer afin d’infecter de nouvelles espèces.

En outre, les virus influenza disposent d’un autre outil les rendant encore plus dangereux : la capacité d’échanger du matériel génétique avec d’autres virus. Ce processus est connu sous le nom de réassortiment génétique. C’est un peu comme si, par exemple, l’on mélangeait deux paquets de cartes différents : le résultat serait un mélange constitué d’un peu des deux. Si un porc contracte le virus H5N1 provenant d’un oiseau et qu’il attrape, à titre d’exemple, un virus quelconque de la grippe saisonnière qui circule chez les humains, les deux virus entreront en contact et, par réassortiment génétique, acquerront de manière aléatoire les caractéristiques de l’un et de l’autre.

Ce qui se produira ensuite sera le fruit du hasard. La plupart de ces virus recombinés disparaissent sans que personne ne les ait même remarqués. Parfois, cependant, le réassortiment génétique crée un virus dont le code génétique lui confère des avantages lui permettant de se développer. Si ceux-ci comprennent la capacité de se répliquer et de se propager parmi les humains, et s’il a l’occasion de commencer à se répandre au sein d’une population, il pourrait alors finir par devenir un nouvel agent pathogène humain. On estime que le virus pandémique H1N1 2009 a fait son apparition chez des porcs domestiques dans le centre du Mexique.

Le 30 octobre, le Service d’inspection de la santé animale et végétale (APHIS), qui fait partie du ministère américain de l’Agriculture, a annoncé qu’il avait découvert le virus H5N1 dans une petite exploitation agricole du comté de Crook, dans l’Oregon. Deux porcs ont été testés positifs à une souche galopante du virus H5N1 sévissant parmi les oiseaux sauvages, les volailles et le bétail, mais de petites différences génétiques portent à croire qu’ils ont contracté le virus à partir des premiers.

Bien que rien ne prouve que le virus H5N1 se propage en ce moment même dans les élevages porcins commerciaux, le cas de l’Oregon laisse à penser que les oiseaux, les porcs, le bétail et d’autres mammifères se transmettent le virus entre eux plus souvent que les experts ne le pensent. « Nous devons être très prudents quant au fait de sous-interpréter ce genre de résultats », avertit Matthew Binnicker. « Là où il y a de la fumée, il y a du feu. Il n’y a pas lieu de s’alarmer, ou de paniquer, mais nous ne pouvons pas l’ignorer. »

2. UNE ÉPIDÉMIE HORS DE CONTRÔLE CHEZ LES VACHES LAITIÈRES METTRAIT L’HOMME EN DANGER  

Même si nous évitons que les porcs ne soient infectés par le virus H5N1, un virus pandémique humain pourrait naître de l’épidémie qui sévit chez les vaches laitières. Comme les porcs, les bovins peuvent être infectés en même temps par des virus humains et aviaires. Les scientifiques estiment que le réassortiment génétique est un peu moins probable chez les bovins en raison de certains aspects de leur physiologie. Dans le cas des vaches laitières, les experts craignent davantage que ce soient plutôt les êtres humains qui deviennent le bouillon de culture.

La présence du virus dans les exploitations laitières expose de nombreuses personnes à ce dernier : celles qui y travaillent, leur famille, leurs proches, ainsi que les membres de leur communauté. De plus, une version humaine de la grippe aviaire est parfaitement capable d’émerger, par réassortiment génétique, d’une personne infectée à la fois par la grippe aviaire et par un virus de la grippe saisonnière.

La prochaine saison grippale accroît ce risque. « Nous allons probablement avoir une vaste transmission et propagation des virus grippaux humains au sein de la population », prévient Matthew Binnicker. « Si nous avons un ouvrier agricole qui est infecté par une souche humaine de la grippe et qu’il travaille également avec une vache laitière qui a contracté la grippe aviaire, alors le réassortiment génétique pourrait potentiellement se produire chez l’Homme s’il est infecté par les deux virus en même temps. »

LES EXPLOITATIONS AGRICOLES ONT PEINÉ À JUGULER LES ÉPIDÉMIES MAIS DES PROGRÈS ONT ÉTÉ RÉALISÉS

Il est important d’enrayer l’épidémie au sein du bétail afin de réduire la menace potentielle pour la santé publique. Moins il y a de vaches infectées, moins le virus a de chances de se propager à d’autres animaux d’élevage, comme les porcs, ou à l’être humain.

Le secteur bovin et ses régulateurs peinent néanmoins à y parvenir. Contrairement à l’aviculture, forte de décennies d’expérience avec le virus H5N1, l’industrie laitière a été prise au dépourvu. « Nous n’avons pas été confrontés à ce type de défi concernant un virus depuis de nombreuses générations », explique Jamie Jonker, directeur scientifique de la National Milk Producers Federation, un groupement d’intérêt économique du secteur laitier. « Nous n’avons pas ce mécanisme bien huilé nous permettant de passer à l’action. »

Le secteur bovin rattrape son retard depuis que l’épidémie a commencé, probablement fin 2023 dans des exploitations situées dans le panhandle du Texas, après qu’un oiseau sauvage infecté par le virus H5N1 l’a transmis d’une manière ou d’une autre à la glande mammaire d’une vache. « Tout le monde a été surpris car ça n’avait jamais été observé dans le lait d’aucune espèce à ma connaissance », explique James A. Roth, directeur du Center for Food Security and Public Health de l’université d’État de l’Iowa, qui a pour mission de préparer à l’introduction accidentelle ou intentionnelle de maladies qui menaceraient la production alimentaire ou la santé publique. « C’était une situation très inhabituelle. »

Le virus semble se propager parmi les vaches, principalement par contact avec les installations de traite. Il se retrouve ensuite en concentrations si élevées dans le lait des vaches infectées qu’il est extrêmement difficile de l’empêcher de se propager. Les personnes travaillant dans les exploitations ont essayé d’utiliser des désinfectants sur l’équipement de traite et même directement sur les pis des vaches, mais en vain. « La quantité de virus produite dans le lait est telle qu’il est dur d’y mettre un terme », indique James A. Roth.

Les grandes exploitations emploient une petite armée de personnes pour traire des milliers de vaches deux ou trois fois par jour, sept jours sur sept. Il est difficile d’éviter que du lait chargé de virus ne se retrouve sur les combinaisons et les bottes. L’utilisation correcte de lunettes, d’écrans faciaux, de masques, de gants, de couvre-bottes, de combinaisons et d’autres équipements de protection individuelle (EPI) peut, en théorie, constituer un excellent rempart, ont assuré les experts des CDC, mais seulement s’ils sont portés de manière systématique et si les protocoles sont scrupuleusement respectés. Cela peut s’avérer ardu dans les conditions d’une exploitation laitière typique, souvent humide et moite. Il se peut que de nombreuses infections parmi les personnes y travaillant se présentent sous la forme d’une conjonctivite car elles se frottent les yeux en passant sous les lunettes de protection.

Malgré les difficultés rencontrées pour maîtriser les épidémies, des progrès ont été accomplis.

En juillet, le Colorado a commencé à exiger que le lait conservé dans des tanks au sein des exploitations soit testé avant d’être expédié. Il a également émis un ordre de quarantaine pour le bétail infecté et enjoint des mesures de biosécurité plus strictes, telles que stériliser régulièrement les pneus des véhicules, restreindre l’accès aux visiteurs et établir des protocoles de biosécurité rigoureux pour les personnes travaillant dans l’exploitation.

Les dernières mesures semblent avoir été efficaces : le Colorado n’a signalé aucune nouvelle infection depuis plus d’un mois. En octobre, le ministère américain de l’Agriculture, s’inspirant de la réussite de cet État, a lancé un programme national portant sur l’analyse du lait en vrac. Dans les élevages porcins, la surveillance est laissée à l’appréciation des personnes qui les exploitent et des vétérinaires.

Quant à la Californie, où l’épizootie s’est propagée dans les exploitations de la vallée centrale, le renforcement des mesures arrive tardivement. Selon les experts, l’importance de l’industrie laitière dans cet État, soit 1,7 million de vaches laitières contre 200 000 au Colorado, ainsi que la grande proximité des exploitations entre elles, constituent un défi pour parvenir à juguler l’épidémie. « Nous en sommes à un stade où le virus n’est pas maîtrisé en Californie », déclare Jamie Jonker.

Pour les vaches laitières, le ministère américain de l’Agriculture a approuvé sept essais sur le terrain de vaccins expérimentaux contre le virus H5N1. Dans une réponse écrite à des questions, il n’a toutefois pas souhaité donner d’estimation quant à la date à laquelle un vaccin pourrait être disponible ou indiquer « si un vaccin efficace pourrait même un jour être développé ».

QU’EST-CE QUI POURRAIT AMENER À TIRER LA SONNETTE D’ALARME ? 

Il existe des preuves que le virus H5N1 s’adapte rapidement à la physiologie humaine. Selon une étude publiée ce mois-ci dans la revue Science, une seule mutation génétique de la souche présente au sein d’une vache laitière suffit à lui donner la capacité de s’attacher facilement aux cellules des voies respiratoires humaines. Cette mutation a été trouvée dans l’échantillon de virus prélevé sur l’adolescent en Colombie-Britannique et pourrait être la source de son mal. Les scientifiques précisent cependant qu’il n’existe toujours aucune preuve de transmission interhumaine.

Dans l’ensemble, le risque pour la santé publique lié au virus H5N1 est actuellement « faible », selon les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies. La situation pourrait néanmoins changer d’un instant à l’autre si une unique souche capable de se transmettre d’une personne à l’autre se propageait. Cela se manifesterait probablement d’abord sous la forme d’un petit groupe de personnes malades et se répandrait progressivement, avec lenteur dans un premier temps, puis rapidement. Il est impossible de prédire à quel point cela pourrait être grave : il pourrait s’agir d’une maladie bénigne, comme la pandémie grippale 2009, ou bien d’une maladie grave, comme la grippe espagnole, qui a tué plusieurs dizaines de millions de personnes.

Quelle que soit sa gravité, le détecter et agir rapidement sont les clefs pour juguler une telle épidémie. D’après les CDC, les États-Unis disposent à l’heure actuelle de deux vaccins expérimentaux contre le virus H5N1 et prévoient de produire dix millions de doses d’ici le mois d’avril.

Si la transmission interhumaine était avérée, ces doses pourraient permettre de vacciner un cercle de personnes autour d’un groupe d’individus infectés. Une telle stratégie pourrait permettre d’enrayer une épidémie si les autorités réagissent rapidement avant que le virus n’infecte un trop grand nombre de personnes.

D’ici là, la meilleure chose à faire est de recevoir une dose de vaccin contre la grippe saisonnière, ce qui contribuerait à limiter la circulation du virus et le risque qu’il se répande. Les experts en santé publique déconseillent également de boire du lait cru. Le lait que l’on trouve en magasin peut être consommé en toute sécurité car il est pasteurisé.

Les CDC concentrent actuellement leur « surveillance active » sur les personnes les plus susceptibles d’être exposées, comme celles travaillant dans des exploitations. Par exemple, dans le cadre d’une enquête menée auprès de 115 personnes travaillant en exploitation agricole, les tests sérologiques de huit d’entre elles se sont révélés positifs au virus H5N1, détectant ainsi la présence d’anticorps, ce qui signifie qu’elles ont contracté le virus à un moment ou à un autre, et quatre d’entre elles ont développé des symptômes.

Dans la population générale, en revanche, la prévalence est « infiniment faible », assure Eduardo Azziz-Baumgartner, médecin épidémiologiste pour les CDC. C’est pourquoi, selon lui, un dépistage à plus large échelle serait inefficace, coûteux et donnerait lieu à un trop grand nombre de faux positifs. Jusqu’à présent, les CDC ont réalisé plus de 60 000 tests pour le virus H5N1 et seuls 61 se sont révélés positifs. Tous sauf deux l’ont contracté par l’intermédiaire d’animaux. Bien que les experts ne connaissent pas la source de contamination de ces deux-là, il n’existe aucune preuve de transmission interhumaine.

Maggie L. Bartlett, directrice de programme au sein du Global Virus Network, coalition internationale de virologues, et professeure de virologie à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, estime que les conséquences d’un virus H5N1 humain pourraient être graves et qu’une plus grande vigilance s’impose. Elle préconise de rendre disponible à grande échelle des tests rapides de dépistage du virus H5N1, ainsi qu’une surveillance plus systématique du virus au sein des populations animales et humaines. Elle craint que le nombre réel de personnes ayant contracté le virus H5N1 soit bien plus élevé que les soixante-et-unes connues. « Nous ne surveillons pas la population de manière assez efficace pour connaître le nombre total de cas humains », affirme-t-elle.  « C’est une chose que les scientifiques déplorent depuis des mois. »

Les sujets d’inquiétude ne manquent pas. Il est difficile de prédire quand et où le virus se répandra, ou si même cela se produira un jour. Ce que nous savons, c’est que le risque d’émergence d’un virus H5N1 humain est désormais plus élevé qu’il ne l’a jamais été.